Die Schwangerschaft ist die Hauptursache für natürlichen Mikrochimärismus durch einen bidirektionalen transplazentaren Zellaustausch zwischen Mutter und Fötus. Während einer normalen Schwangerschaft kommt es zu einem reversiblen Transfer von mütterlichen, fetalen und plazentaren Zellen. Er findet in allen Schwangerschaften statt und nimmt mit dem Gestationsalter zu.
Eine kleine Anzahl von Zellen der Mutter bleibt in ihrem Kind bis ins Erwachsenenalter bestehen (mütterlicher Mikrochimärismus), während eine kleine Anzahl von Zellen aus früheren Schwangerschaften bei der Mutter über viele Jahre hinweg bestehen bleibt (fetaler Mikrochimärismus)[1].
Die Bestimmung des Vorhandenseins des Y-Chromosoms bei Frauen, die bereits männliche Schwangerschaften hatten, ist eine praktische Methode, um den Mikrochimärismus zu beurteilen. Mit dieser Methode wurden in einer Reihe von Studien bei 30 bis 50 % der Frauen männliche Zellen mutmaßlich fetalen Ursprungs nachgewiesen[2]. Es muss nicht unbedingt ein Junge geboren worden sein, damit fetaler Mikrochimärismus vorliegt, aber es ist einfacher zu beobachten (dank des Y-Chromosoms).