Le microbiote du nouveau-né : quel impact de l’ensemencement vaginal ?

La sensibilité à certains agents pathogènes est souvent plus élevée chez les nourrissons ayant subi une césarienne que chez ceux ayant accouché par voie vaginale. Par exemple, 64 à 82 % des cas signalés d'infections cutanées à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) chez les nourrissons sont survenus chez des nourrissons ayant subi une césarienne [7].

Une mauvaise transmission maternelle lors de la naissance par césarienne peut prédisposer les nourrissons à une colonisation par des pathogènes. Toutefois, les conséquences cliniques des perturbations du microbiote au début de la vie et du portage d'agents pathogènes pendant cette fenêtre critique du développement immunitaire restent à déterminer [8]

On sait également que la transmission des bactéries intestinales maternelles commence dès la grossesse [9], donc booster son propre microbiome avec des prébiotiques et des probiotiques peut être une option pour favoriser le microbiome de son nourrisson.

Par ailleurs, une étude des associations entre le mode d'accouchement et la diversité et le mode de colonisation du microbiote intestinal au cours de la première année de vie du nourrisson a révélé que la diversité et le mode de colonisation étaient significativement associés au mode d'accouchement, mais l’effet sur le long terme de ces différences reste inconnu. Une étude a montré que les différences persistaient jusqu’à 6 mois [10] seulement, tandis qu’une autre étude montre des différences jusqu’à 4 ans [11].

Une colonisation microbienne aberrante chez les nourrissons a été associée à des effets à long terme sur leur métabolisme car le microbiote intestinal peut contribuer à l'obésité en augmentant l'extraction d'énergie, ou en modifiant la signalisation métabolique et l'inflammation [12]. Dans une étude sur 284 enfants mis au monde par césarienne, ils ont observé qu’à l'âge de 3 ans, 15.7 % des enfants nés par césarienne étaient obèses, contre 7.5 % des enfants nés par voie vaginale [13]. 

Les cellules T tueuses naturelles invariantes (iNKT) jouent un rôle dans la pathogenèse de la colite ulcéreuse, une forme majeure de maladie intestinale inflammatoire, et dans l'asthme. L'exposition microbienne en début de vie a des effets durables sur ces cellules iNKT et, en leur absence, l'exposition ultérieure à des facteurs qui stimulent ces cellules peut induire une réponse auto-inflammatoire [14]. Cet effet du microbiome pourrait expliquer l’observation d’une étude qui montre une augmentation de 20% du risque de développer de l’asthme chez les enfants nés par césarienne [15].
Le risque de développer de l'asthme [16] a également été associé au type de bactéries contribuant au microbiote intestinal pendant les 100 premiers jours de la vie. 

Ils observent également que les nourrissons nés par césarienne sont davantage colonisés par Clostridium (associé à l'entérocolite nécrosante néonatale) au cours des 3 premières semaines de vie [17]. On considère qu'un microbiote intestinal sain favorise le développement et la maturation du système immunitaire, tandis qu'un intestin anormal est considéré comme la principale cause d'infections gastro-intestinales graves pendant la petite enfance [18].

Dans une étude, ils ont observé que les enfants ayant des antécédents parentaux d'asthme ou d'allergies nés par césarienne présentaient un risque d'atopie (soit une hypersensibilité à l’environnement qui se manifeste généralement par de l’asthme, des rhumes ou de l’eczéma) deux fois plus élevé que ceux nés par voie vaginale. La naissance par césarienne était significativement associée à une probabilité accrue de rhinite allergique. Les auteurs ont conclu que cela pourrait s'expliquer par le manque de contact avec la flore vaginale par césarienne [19]. 

Attention mama, on ne parle ici que d'une augmentation du risque - cela ne veut pas dire que votre enfant ne sera pas en bonne santé parce que vous avez eu une césarienne ! Et la césarienne est nécessaire à bon nombre d'entre nous, et heureusement qu’elle existe !

De plus, le microbiote de tous les nourrissons nés par césarienne ne peut pas être considéré comme uniforme, car certains nourrissons naissent par césarienne après le début du travail ou la rupture des membranes, tandis que d'autres naissent avant le début du travail ou avant la rupture des membranes. Par conséquent, l'exposition aux bactéries vaginales maternelles variera parmi tous les nourrissons nés par césarienne. 

Enfin, il y a d'autres façons de développer son microbiote comme via l’allaitement ou le peau à peau !

La première étape pour garantir un microbiome intestinal sain à votre bébé commence pendant la période de la grossesse. Les microbes maternels sont transférés pour la première fois in utero [20].

Vous pouvez consommer des fibres prébiotiques qui permettent de contribuer à la richesse du microbiote intestinal [21]. La consommation de probiotiques pourrait également être bénéfique [22]. Ces aliments sont également à privilégier lors de la diversification alimentaire de votre enfant pour poursuivre son bon développement !

L'allaitement maternel façonne le microbiote intestinal au début de la vie, à la fois directement par l'exposition du nourrisson au microbiote du lait et indirectement, par le biais de facteurs du lait maternel qui affectent la croissance et le métabolisme des bactéries [23]. Les bienfaits de l'allaitement sont indéniables sur le microbiote. 

Les bactéries commensales présentes dans le lait maternel et les bactéries de la peau aréolaire de la mère contribuent à l'ensemencement précoce de l'intestin du nourrisson. Une étude a montré que l’allaitement permettait d’apporter 27,7% de bactéries provenant du lait maternel et 10,3% provenant de la peau aréolaire [24].

Le contact peau à peau permet également de favoriser le développement de son microbiote [25].

Plusieurs études ont montré que le fait de posséder un animal de compagnie peut en fait contribuer à accroître la diversité du microbiome intestinal. Cette constatation est liée à l'hypothèse de l'hygiène, selon laquelle une exposition limitée aux infections au début de la vie peut en fait nuire au développement du système immunitaire. Une étude en particulier, portant sur 746 nourrissons, a révélé que le fait de posséder un animal de compagnie était associé à une abondance accrue de deux bactéries, Ruminococcus et Oscillospira. Ces bactéries ont été associées à un risque moindre d'allergie et d'obésité chez l'enfant [26].

Un contact avec le monde extérieur permettra aux enfants de booster leur système immunitaire. Il peut être judicieux de laisser les enfants jouer dans la nature, avec la terre, pour favoriser le développement de leurs défenses et de leur microbiome.